Groupe de Travail « Traitement et analyse d’image 3D en ME» .
Ce groupe de travail de 12 personnes est animé par ">Karin Pernet Gallay de l’Institut des Neurosciences de Grenoble. Ce groupe a été formé en 2019 à partir de la division du GT « 3D MEB ». L’ampleur des objectifs était si importante que ce dernier groupe s’est divisé pour séparer l’analyse d’images de la partie préparation des échantillons et acquisition des images. De 2019 à 2020 ce GT a été un GT inter réseau avec le RTmfm, l’analyse d’images en microscopie électronique et en microscopie optique pouvant avoir des points de réflexion communes. En 2020 le RTmfm s’est retiré de ce GT car il n’avait plus de volontaire pour y participer.
Le but de ce GT est de rassembler les utilisateurs des outils de microscopie électronique en 3D dans le but de partager les stratégies en analyse d’image.
Ce Groupe rédige des protocoles d’utilisation de logiciel de traitement d’images. Ces protocoles sont présentés au cours des journées annuelles du RIME et déposé sur la base de données SIDRE (2020 protocole d’utlisation d’Ilastik, 2021 protocole d’utilisation du logiciel Imod, François Orange).
Les réunions Zoom sont efficaces pour échanger les expériences, mais elles ne permettent pas d’accompagner les utilisateurs dans la prise en main du logiciel. Il ne fait pas de doute que la mise en place de formations serait bénéfique, mais pour le moment nous n’avons pas encore défini le logiciel le plus approprié. Il est clair cependant que la diversité des stratégies utilisées ainsi que les développements de l’analyse 3D avec des outils d’intelligence artificielles ne permettent pas de définir aujourd’hui une unique stratégie. Les membres de ce groupe de travail se contentent pour le moment de se tenir au courant des différentes options possibles et partagent autant que possible les méthodes qu’ils utilisent.